महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी), उत्तराखण्ड का कार्यालय मई 2002 में देहरादून में स्थापित किया गया। दिनांक 31.05.2006 तक इस कार्यालय का कैडर नियंत्रण/प्रशासनिक नियंत्रण महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी), उत्तर प्रदेश, इलाहाबाद के अधीन था। तत्पश्चात दिनांक 01.06.2006 को महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी), उत्तर प्रदेश, इलाहाबाद से पृथक्करण कर इस कार्यालय को स्वतंत्र कैडर/प्रशासनिक नियंत्रण प्रदान किया गया।

अतः महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी), उत्तराखण्ड, देहरादून का स्वतंत्र अस्तित्व जून 2006 से प्रभावी हुआ।