उत्तराखंड राज्य में कोषागार को कोषागार और उप-कोषागार के रूप में वर्गीकृत किया गया है। वे राज्य सरकार के वित्त विभाग के अधीनस्थ, निदेशक कोषागार, पेंशन एवं हकदारी के प्रशासनिक नियंत्रण में कार्य करते हैं। वर्तमान में उत्तराखंड में 21 कोषागार और 71 उप कोषागार हैं। इन सभी कोषागारों का वार्षिक निरीक्षण महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) द्वारा किया जाता है।

कोषागार, प्रत्येक विभागीय इकाई के लिए नामित आहरण और संवितरण अधिकारियों (डीडीओ) के माध्यम से विभागों के साथ लेनदेन करते हैं। आहरण और संवितरण अधिकारी बिल जमा करके संबंधित कोषागारों से धन निकालते हैं। कुछ आहरण और संवितरण अधिकारियों को सरकार द्वारा चेक आहरण और संवितरण अधिकारियों के रूप में नामित किया जाता है, जो कोषागारों के माध्यम से प्राप्तकर्ता को चेक जारी करके धन निकालते हैं। इसी प्रकार, विभाग द्वारा एकत्र किया गया सभी राजस्व डीडीओ द्वारा कोषागार में जमा किया जाता है। कोषागार अधिकारी दिन-प्रतिदिन के आधार पर सभी प्राप्तियों और भुगतानों का लेखा-जोखा रखते हैं और उन्हें मासिक आधार पर संकलित करते हैं (नकद खाता और भुगतान की सूची) और राज्य सरकार के मासिक खातों के संकलन के लिए महालेखाकार को प्रस्तुत करते हैं।

एकीकृत वित्तीय प्रबंधन प्रणाली (IFMS) वेब पोर्टल को राज्य में कोषागार विभाग के विभिन्न उपयोगकर्ताओं को उपयोगकर्ता इंटरफ़ेस प्रदान करने के लिए डिज़ाइन और विकसित किया गया है। यह पोर्टल पूरे राज्य में समर्पित लीज लाइन के माध्यम से जुड़े 92 कोषागारों/उप-कोषागारों पर निष्पादित राज्य सरकार के वास्तविक समय के वित्तीय लेनदेन प्रदान करता है। वित्त विभाग, कोषागार, सचिव, विभागाध्यक्ष, डीडीओ, सीसीएल/पीएलए विभाग, वित्त नियंत्रक, बैंकर, कर्मचारी और पेंशनभोगी अपने लॉगिन और पासवर्ड का उपयोग करके इंटरनेट के माध्यम से तत्काल जानकारी प्राप्त कर सकते हैं। यह 4200 से अधिक डीडीओ, 400 सीसीएल/पीएलए उपयोगकर्ताओं को राज्य के ऑनलाइन बिल/ई-चेक/ऑनलाइन पेंशन पेपर तैयार करने और कोषागार के आंकड़ों के साथ प्राप्ति और भुगतान विवरण का मिलान करने में मदद करेगा। यह पोर्टल 68 सचिवों और 120 विभागाध्यक्षों द्वारा ऑनलाइन बजट वितरण और समर्पण की सुविधा प्रदान करता है, उन्हें अपने अनुदान/योजनावार प्रगतिशील व्यय/बजट विवरण प्राप्त करने का लाभ मिलेगा। यह पोर्टल राज्य सरकार के विभिन्न स्वायत्त निकायों (विश्वविद्यालयों, सहायता प्राप्त संस्थानों) के लिए ऑनलाइन वेतन सृजन और भुगतान की सुविधा भी प्रदान करता है।

कोषागार निरीक्षण के संबंध में, सक्षम प्राधिकारी द्वारा विधिवत अनुमोदित वार्षिक कोषागार निरीक्षण योजना को टी.आई. पार्टी के कोषागार निरीक्षण कार्यक्रम के बजाय अपलोड किया जाना है। कोषागार के कामकाज पर वार्षिक समीक्षा भी अपलोड करना आवश्यक है.