इस कार्यालय द्वारा अन्य राज्यों के महालेखाकारों से प्राप्त विशेष मुहर प्राधिकरणों के आधार पर विभिन्न कोषागारों को पेंशन भुगतान प्राधिकरण जारी किए जाते हैं। इसी प्रकार उत्तराखण्ड के पेंशनरों अथवा उनके परिवारों, जो राज्य के बाहर किसी कोषागार से पेंशन प्राप्त करना चाहते हैं, के संबंध में अन्य राज्यों के महालेखाकारों को विशेष मुहर प्राधिकरण जारी किए जाते हैं।

इसके अतिरिक्त, समय-समय पर अन्य राज्य सरकारों द्वारा स्वीकृत महंगाई राहत (Dearness Relief) की अधिसूचनाएँ उत्तराखण्ड के सभी कोषागारों को प्रेषित की जाती हैं। इसी प्रकार, उत्तराखण्ड सरकार द्वारा स्वीकृत महंगाई राहत को भी समय-समय पर विशेष मुहर प्राधिकरणों के अंतर्गत अन्य राज्यों के महालेखाकारों को प्रेषित किया जाता है।