वेतन व भत्तों और छुट्टी वेतन का अनंतिम भुगतान इस विषय पर संबंधित सरकारों के आदेशों के अनुसार और उपरोक्त दस्तावेजों के अभाव में अनुचित जोखिम लिए बिना अधिकारियों को होनेवाली अनावश्यक कठिनाई से बचने के लिए महालेखाकार के विवेकाधिकार पर भी किया जा सकता है ।  अनंतिम भुगतान की अनुमति देने में, महालेखाकार निम्नलिखित सिद्धांत का पालन करता है :

• कोई अनंतिम भुगतान सामान्य रूप से उस प्राधिकारी से प्राप्त अनुरोध के बिना नहीं किया जाता है जो अंतिम रूप से भुगतान को मंजूरी देने के लिए सक्षम है और अनुरोध में वह अवधि (जो कम होनी चाहिए) सूचित करनी चाहिए जिसके लिए अनंतिम रूप से भुगतान पारित किया जाना चाहिए।
• अधिकारी को स्पष्ट रूप से सूचित किया जाना चाहिए कि भुगतान अनंतिम है । अंतिम आदेशों की प्राप्ति पर निगरानी रखने के लिए एक उचित पंजी रखी जाती है और यह कि अनंतिम भुगतान उस अवधि से अधिक नहीं होते हैं जिसके लिए उन्हें स्वीकृत किया गया था।