महालेखाकार कार्यालय, मुंबई की स्थापना 1 मई 1858 को ओल्ड सीजीओ कॉम्प्लेक्स, न्यू मरीन लाइन्स, चर्चगेट, मुंबई में की गई थी। 125 से अधिक वर्षों में, महाराष्ट्र राज्य के संबंध में भारत के नियंत्रक और महालेखा परीक्षक की लेखा परीक्षा और लेखा जिम्मेदारियों का कई गुना विस्तार हुआ और आज तक भारतीय लेखा एवं लेखा विभाग के निम्नलिखित छह कार्यालयों द्वारा इसका प्रबंधन किया जा रहा है। प्रत्येक एक अलग महालेखाकार / प्रधान महालेखाकार की अध्यक्षता में होता है।

• प्रधान महालेखाकार कार्यालय (लेखा और हकदारी) -I, महाराष्ट्र, मुंबई
• महालेखाकार कार्यालय (लेखा और हकदारी) -II, महाराष्ट्र, नागपुर
• प्रधान महालेखाकार (लेखा परीक्षा) का कार्यालय, महाराष्ट्र, मुंबई
• महालेखाकार कार्यालय (लेखा परीक्षा) -II, महाराष्ट्र, नागपुर
• कार्यालय का पीआर। महालेखाकार (लेखा परीक्षा) -III, महाराष्ट्र, मुंबई
• प्रधान निदेशक का कार्यालय ऑडिट (केंद्रीय), महाराष्ट्र, मुंबई