यह कार्यालय प्रत्यक्ष कर विभागों, अप्रत्यक्ष कर विभागों की निष्पादन लेखापरीक्षा, अनुपालना लेखापरीक्षा, वित्तीय लेखापरीक्षा एवं केंद्रीय स्वायत्त निकायों की केंद्रीय व्यय लेखापरीक्षा का आयोजन करता है। लेखापरीक्षा का आयोजन भारत के नियंत्रक एवं महालेखापरीक्षक द्वारा जारी लेखापरीक्षा मानकों की अनुरूपता से किया जाता है।