महानिदेशक लेखापरीक्षा (केंद्रीय), हैदराबाद का उत्तरदायित्व हैः
1. प्रत्यक्ष कर विभाग: आयकर विभाग द्वारा पूर्ण किए गए मूल्यांकन की लेखापरीक्षा।
2. अप्रत्यक्ष कर विभाग: जीएसटी एवं सीमा शुल्क की लेखापरीक्षा।
3. केंद्रीय व्यय लेखापरीक्षा: केंद्रीय व्यय निकायों की वित्तीय लेखापरीक्षा धारा 19(2) और 20(1) के अंतर्गत आयोजित की जाती है, जिसके लिए प्रधान निदेशक लेखापरीक्षा (केंद्रीय) प्रधान लेखापरीक्षक होते हैं एवं केंद्रीय स्वायत्त निकायों की लेखापरीक्षा इकाइयों की पहचान पर धारा 14 के तहत एवं नि.म.ले.प. (डी.पी.सी) अधिनियम, 1971 की धारा 19(2) एवं 20(1) के अंतर्गत उप-लेखापरीक्षक के रूप में की जाती है।