संगठनात्मक संरचना

महानिदेशक लेखापरीक्षा का कार्यालय का नेतृत्व महानिदेशक (विभागीय प्रमुख) द्वारा किया जाता है में है और यह उप निदेशक (HOO) द्वारा प्रशासित होता है। यह कार्यालय अनुभागों, मंडलों, कारखानों, भंडारों, निर्माण इकाइयों और स्थानिक लेखा परीक्षा दलो में निम्नानुसार व्यवस्थित है:
1. प्रशासन (Admn)
2. समन्वय (CoR)
3. प्रतिवेदन (R)
4. बुकिंग (BKG)
5. सूचना प्रौद्योगिकी (IT)
6. आंतरिक जाँच लेखा परीक्षा (ITA)
7. स्थापना और व्यय मुख्यालय (EHQ और XHQ)
8. प्रशिक्षण और निरीक्षण प्रतिवेदन पुनरीक्षण अनुभाग(Trg & IRVC)
9. निर्माण मुख्यालय (CHQ) और 2 आरएपी
10. भंडार मुख्यालय(SHQ)
11. निरीक्षण मुख्यालय (IHQ)
12. कारख़ाना मुख्यालय (Workshop HQ) और 1 आरएपी
13. मुंबई मंडल और 2 आरएपी
14. नागपुर मंडल और 1 आरएपी
15. भुसावल मंडल
16. सोलापुर मंडल
17. पुणे मंडल और 1 आरएपी
18. कोंकण रेलवे कॉर्पोरेशन लिमिटेड (KRCL)