वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी), सिक्किम, कार्यालय भारत के निंयत्रक-महालेखापरीक्षक (सीएंडएजी) के अधीन कार्य करता है जो भारतीय लेखा तथा लेखापरीक्षा विभाग के अध्यक्ष है। नियंत्रक-महालेखापरीक्षक भारत के राष्ट्रपति द्वारा नियुक्त किये जाने संवैधानिक प्राधिकारी है। भारत सरकार (संवैधानिक प्रावधान) आदेश 1947 तथा भारतीय संविधान के अनुच्छेद 149 से लिए गए भारत सरकार (लेखापरीक्षा तथा लेखा) आदेश 1936 के आदेशों के प्रावधानों के आधार पर, नियंत्रक-महालेखापरीक्षक को उन लेखो की लेखापरीक्षा से संबंधित मामलों में नियम बनाने एवं अनुदेश देने की शक्ति है, जिसके लिए वह उत्तरदायी है। भारत के नियंत्रक-महालेखापरीक्षक के कार्य मुख्यतः भारत के संविधान के अनुच्छेद 149 से 151 से लिए गए है।