सिक्किम भारतीय संघ का 22 वां राज्य है। 26 अप्रैल 1975 में सिक्किम का भारतीय संघ में विलय किया गया। प्रारंभ में, सिक्किम राज्य के लिए लेखांकन एवं लेखापरीक्षा के कार्यो के निर्वाहन के लिए निदेशक लेखापरीक्षा, केंद्रीय, कलकता के अंतर्गत सृजित किया गया था।  स्वतंत्र यूनिट के रूप में पूर्णकालिक कार्यालय ने अपने प्रथम महालेखाकार श्री आर.पी.पाल सहित 10 दिसंबर 1981 से गंगटोक में कार्य करना प्रारंभ किया। 01 मार्च 1984 को भारतीय लेखा तथा लेखापरीक्षा विभाग में संवर्ग के पुनः संरचना के परिणामस्वरूप इस कार्यालय को दो कार्यालयों में विभाजन अर्थात लेखा एवं हकदारी तथा लेखापरीक्षा कार्यालय में किया गया। वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) कार्यालय के संदर्भ में महालेखाकार विभागाध्यक्ष है तथा वरिष्ठ उप महालेखाकार कार्यालय प्रमुख है। वरिष्ठ उप महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) का कार्यालय भारतीय लेखा तथा लेखापरीक्षा विभाग के पुनःसंरचना के परिणामस्वरूप मार्च 1984 से अस्तित्व में आया। प्रारंभ में मार्च 2006 तक कार्यालय गंगटोक शहर के हृदय में किराये की इमारत में स्थित था। हालाँकि अब कार्यालय अप्रैल 2006 से अपनी स्वयं की इमारत लेखापरीक्षा भवन, देवराली में स्थानांतरित किया गया है।