महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) कार्यालय की विभिन्न शाखाओं की गतिविधियों का निर्देशन, निगरानी और नियंत्रण करता है। महालेखाकार (लेखा एवं हकदारी) को राज्य सरकार के लेखा और हकदारी संबंधी कार्य सौंपे गए हैं। कार्यालय की कुल प्रभावी क्षमता 888 है, जिसमें 6 आईए और एएस अधिकारी, 41 सीनियर एओ, 129 एएओ, 1 सीनियर पीएस, महालेखाकार (ए एंड ई), 01 सहायक निदेशक (राजभाषा), 25 पर्यवेक्षक, 09 निजी सहायक, 01 सीनियर कंसोल ऑपरेटर, 01 कल्याण सहायक, 421 सीनियर अकाउंटेंट, 64 अकाउंटेंट, 26 क्लर्क/टाइपिस्ट, 01 कंसोल ऑपरेटर, 21 डाटा एंट्री ऑपरेटर, 02 जूनियर हिंदी अनुवादक, 01 स्टाफ कार ड्राइवर, 01 चयन ग्रेड रिकॉर्ड कीपर, 123 मल्टी टास्किंग स्टाफ और 19 एजीओडी कैंटीन स्टाफ शामिल हैं। महालेखाकार कार्यालय के समग्र प्रभारी हैं, जिनकी सहायता के लिए 5 उप महालेखाकार हैं, जो प्रत्येक कार्यात्मक समूह के प्रभारी हैं। उपमहालेखापरीक्षक (प्रशासन) अपने अधीन चौदह अनुभागों के साथ प्रशासन के प्रत्यक्ष प्रभारी हैं। उपमहालेखापरीक्षक (लेखा और वीएलसी) अपने अधीन 39 अनुभागों के साथ अन्य बातों के अलावा मासिक खातों के संकलन और समेकन, राज्य के मासिक सिविल खातों की तैयारी, वित्त खातों की तैयारी, विनियोग खातों, 31.8.89 तक स्वीकृत एचबीए और एमसीए से संबंधित खातों के रखरखाव, कोषागार खातों के निरीक्षण और कार्यालय (वीएलसी) के लेखा कार्यों के कम्प्यूटरीकरण के लिए जिम्मेदार हैं। उपमहालेखापरीक्षक (निधि) अपने अधीन 27 अनुभागों के साथ राज्य सरकार के कर्मचारियों, कर्नाटक कैडर के अखिल भारतीय सेवा अधिकारियों और न्यायाधीशों के पीएफ खातों के रखरखाव के लिए जिम्मेदार हैं। उपमहालेखापरीक्षक (जीई) अपने अधीन 21 अनुभागों के साथ राजपत्रित अधिकारियों के वेतन और भत्ते के विनियमन और उनके अवकाश खातों के रखरखाव के लिए जिम्मेदार हैं। उपमहालेखापरीक्षक (पेंशन) अपने पर्यवेक्षी प्रभार के अंतर्गत 22 अनुभागों के साथ राज्य सरकार के कर्मचारियों, जिनमें सहायता प्राप्त संस्थानों के कर्मचारी, विश्वविद्यालयों के आवंटित कर्मचारी, स्वतंत्रता सेनानियों, कलाकारों, पत्रकारों आदि को मानदेय का प्राधिकरण शामिल है, के पेंशन दावों के सत्यापन और प्राधिकरण जारी करने के लिए जिम्मेदार हैं।