कल्याण अनुभाग का मुखिया कल्याण अधिकारी होता है, एवं इनके सहायक के रूप में 2 कल्याण सहायक एवं 2 वरिष्ठ लेखापरीक्षक होते हैंI प्रधान महालेखाकार(सा.व सा.क्षे.ले.), प्रधान निदेशक लेखापरीक्षक (केंद्रीय) एवं महालेखाकार (आ. व.रा.क्षे.ले.प.) के कर्मचारियों के सामान्य कल्याण का ध्यान अनुभाग द्वारा किया जाता हैI कल्याण अनुभाग ऐसे कर्तव्यों एवं उन जिम्मेदारियों को पूर्ण करने का कार्य करता है जो कार्य की दशाओं में सुधार को सुनिश्चित करते हैंI विभिन्न समन्वयक गतिविधियों के द्वारा यह अनुभाग व्यापक कल्याण तथा कार्य-जीवन में तालमेल, अच्छे स्वास्थ्य तथा आरोग्य, संपर्क एवं सत्कार, पर्यावरण संरक्षण एवं सामाजिक सदभाव को बनाये रखने मैं बहुत महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है