यह कार्यालय "सौराष्ट्र के नियंत्रक कार्यालय" के रूप में स्थापित किया गया था, जो राजकोट में राजस्थानी हॉल में कार्य कर रहा था। 15 अप्रैल, 1953 को नए भवन की आधारशिला रखी गई। गुजरात राज्य के गठन के बाद, इस कार्यालय ने महालेखाकार, अहमदाबाद के शाखा कार्यालय के रूप में कार्य करना शुरू कर दिया। 1 मार्च, 1984 से आईएएडी के पुनर्गठन के परिणामस्वरूप, इस शाखा कार्यालय को महालेखाकार (ले. व ह.) नामक एक स्वतंत्र कार्यालय में उच्चीकृत किया गया। जून 1988 में, महालेखाकार कार्यालय (सामान्य और सामाजिक क्षेत्र लेखा परीक्षा) को इस कार्यालय के एनेक्सी भवन में स्थानांतरित कर दिया गया।