दक्षिण पूर्व रेलवे के प्रधान निदेशक के पूर्ववर्ती कार्यालय को वर्ष 2006 में विभाजित किया गया था और तीन क्षेत्रीय रेलवे लेखा परीक्षा कार्यालय अस्तित्व में आए थे। तब से, यह कार्यालय खण्डगपुर में चार प्रभाग कार्यालयों और एक कार्यशाला कार्यालय के साथ गार्डन रीच में आंचलिक कार्यालय के साथ काम कर रहा है। सितंबर 2019 में, वर्कशॉप ऑडिट ऑफिस / खड़गपुर को तहस-नहस कर दिया गया।